除了改征营业税外，朱由检对商税的重大调整，那就是同样实行一税制。
大明的商税三十税一说起来并不高，但是仍有很多商人抱怨，那是什么原因呢？
除了一些商人不愿纳税的因素外，就是因为商人是会走动的，有可能在这边交了税那边还要交，被重复征收商税。
关税在财政中的百分之二占比，也是这样来的——
每过一个税关，都会被征一次税。
有权有势的大商人能用各种手段逃税，或者只缴纳三十税一的商税。
小商人可就不行了，有可能被重复征税数次，实际税负远超名义上的三十税一。
所以朱由检一再强调，对营业额一百元以下的个体户免税。对于营业税的征收，则按属地管理：
“营业税应该向注册地申报，每年二月到八月申报上一年度税务，向税务机构预约时间。”
“逾期由税务机构警告，并且征收滞纳金。当年未完成上一年度申报的，以偷税漏税处理。”
“平时税务人员不得骚扰企业，干扰企业经营。”
“具体的总公司、分公司，以及营业额主要在外地的公司税收如何算，太府寺摸索出方案来。”
太府寺卿董应举闻言领命，又听皇帝说道：
“内地税关要裁撤，以后只向出入边境的货物征税。”
“今后关税主要就是海关税，还有边疆的边关税。”
“境内往来流通，不再征收关税。”
“大明都要和藩属统一市场了，不能内部的市场还不统一。”
这种减税的事情，群臣大多是赞同的。
当年万历皇帝增加税关征税，没少受到他们抨击。
如今皇帝要裁撤内地的税关，他们怎么可能反对。
但是太府寺卿董应举却为难了，说道：
“关税占比虽少，到底也有二十多万。如果各地税关裁撤，赋税总额就低了。”
“还有海关和边关税收，是不是应该完全归太府寺？”
海关总署目前是户部和海军部共管，还要分一成给内库。
朱由检不想改变这个局面，反问道：
“没有海军和海警配合，户部能征收到多少海关税？”
“边关税也是同样，没有边防军配合怎么收？”
这下董应举无言以对了，朱由检继续说道：
“税务总署可以成立专门的边关署，和边防部一起负责征收边关税。”
“具体怎么分配，你们自己协商。边关税要加强征收、严查走私，配合边防政策，而且要全部用于边防和边疆建设，防止某些人为了税收不顾边疆安危。”
董应举对此无法反对，但是心下却无奈了。因为他知道这样太府寺就变成了给边防部打工的。无论名义上分到多少，最终都要拨到边疆地区。
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