集议制的推行，还影响到军队。
枢密院的文职军官，认为军队也应该举行集议，商议军中事务。
而且在武将和护军谁是主官方面，他们倾向于护军：
“军中召集会议，商议的多半是军政。”
“应当以护军为主官，拥有否决权力。”
这无疑将护军凌驾在武将之上，朱由检对此是不大满意的。
然而此时的朝堂上，除了五军都督之外，根本没人为武将说话。
而五军都督府又没什么实权，里面任职的勋贵，也认识到不到这件事的重要性，根本没有人站出来。
这让朱由检不得不亲自下场，说道：
“军中将领和护军，都能称得上主官。”
“但是两者职责要有侧重点，一个侧重军令，一个侧重军政。”
“军令方面的会议，就以将领为主官。”
“军政方面的会议，则以护军为主官。”
“两者不分先后，可以称为双主官。”
这种和稀泥的态度，无疑让枢密院官员不满。
枢密同知袁可立道：
“兵者国之大事，怎么能如此草率呢？”
“难道军中出了事情，还要先分辨是军令还是军政？争论应该由谁召集会议、确定谁是主官？”
军令和军政事务有时能轻易分清，有时根本分不开。
袁可立认为双主官这种办法太儿戏，根本不适合处理军中事务。
朱由检却见过后世的双首长制，感觉双主官能够磨合，确保无论是谁，都不能随便带着军队造反。
所以他对此很坚持，说道：
“双主官是这次军制改革的重点，以后所有军队都要实行双主官，确保不被一人控制。”
“至于军令和军政的分别，可以想办法解决。”
说着，他向袁可立等人道：
“作战、训练事务，毫无疑问属于军令，由将领主导处理。”
“军官选拔、考功稽勋、教育、后勤，毫无疑问属于军政，由护军主导处理。”
“今后枢密院和兵部下发的文件要明确，注明军令和军政分类。”
这解决了从上级而来的事务分类，至于日常事务，朱由检把它们分为平时和战时：
“平时除了明确属于军令的事务外，由护军主导处理。”
“战时则完全以将领为主官，一切以作战胜利为中心，包括军政事务处理。”
“护军如果不分轻重在战时争权夺利，因此影响到战事的，要受军法审判。”
这个划分，解决了大部分情况下的主官争议。
那就是平时除了明确属于军令
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