人就有可能成为杀掉自己的可怕特工。
不过特工们虽然拥有着强大的力量，超凡的速度和反应能力，不过他们身处于矩阵当中也是会受到限制，只能达到一定的上限。
可是墨菲斯相信，如果尼奥就是传说中的救世主，他可以通过改变意识来突破矩阵的限制，也就是说他完全可以变得比特工们更快更有力量，甚至可以拥有躲避子弹和拦截子弹的能力。
墨菲斯相信，尼奥是可以打败特工们，从而进入到他们所看守的那扇大门当中，进而摧毁母体，将人类完全解放出来。
“你想表达什么？”尼奥问他，“难道我还能躲避子弹吗？”
“不，”墨菲斯笑了笑，“当时机成熟的时候，你甚至都不需要躲。”
……
在此之后，墨菲斯带着尼奥去到虚拟世界当中拜访了先知。
先知是一个看起来非常普通的中年妇女形象，而在先知的家中，两个人展开了一段非常具有哲学意味的对话。
先知让尼奥要【认识你自己】
【而且命运是掌握在自己的手上，不只是墨菲斯，还有尼奥你自己的命运】
观众们都听得一愣一愣的。
可是，你根本就没有那么多的时间去思考他们对话的内容，也没有办法去细想这些对话背后的深意是什么。
就在墨菲斯他们重新返回矩阵的时候，队伍当中出现了叛徒，也就是电影当中一开始被特工们所提到的线人。
线人赛弗认为，与其在丑陋而痛苦的现实世界当中经历痛苦，还要跟机器人军队派来的【乌贼们】进行对抗，提心吊胆地生活在地下不见阳光的日子，还不如被他们给带回去浸泡在培养皿当中，然后在虚拟世界当中成为一个富有的商人享受生活。
哪怕这些东西都是虚拟的，牛排是虚拟的，财富是虚拟的，所有的荣华富贵都是虚拟的，不过大脑能够感受到，对于他来说就是真实。
他也很享受这样被虚拟出来的真实。
于是赛弗出卖了墨菲斯，导致他们在执行任务的时候被抓。
而且还拔掉了他们现实当中用来连接虚拟世界的后脑插头。
一旦连接被拔掉，就意味着意识的消亡，那么整个人就真的死了。
队内的人员接二连三被杀死，最后只剩下了崔妮蒂和尼奥两个人。
赛弗垂涎崔妮蒂的美貌，所以想把她留到最后，可是对于尼奥，他要让尼奥死在崔妮蒂的面前。
如果尼奥是救世主的话，那么肯定会有什么东西来阻止他杀死尼奥，不然怎么被称为救世主呢？
就在千钧一发之际，当赛弗即将拔掉尼奥的插头时，在现实当中的接线员坦克则苏醒了过来，并且成功击杀了赛弗，挽救了崔妮蒂和尼奥的生命。
……
特工们抓到墨菲斯，就是想从他的口中问出关于【地下城锡安】的进入口令，这个口令只有墨菲斯才知道。
而锡安是人类最后的聚集地，一旦口令被知晓，那么机器人大军就会毫不留情地对锡安进行扫荡。
为了将墨菲斯救回来，也为了拯救人类，尼奥和崔妮蒂重返虚拟世界。
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